一般而言，凡怀疑大肠或回肠末段病变而未能明确诊断者，如无检查的禁忌证，均可行结肠镜检查。随着内镜性能的不断改善及内镜操作技术的提高，结肠镜检查的适应证已变得越来越宽了，也越来越为患者甚至要求体检者所接受。结肠镜检查直观、清楚，还可对可疑部位进行活检，必要时还可即时进行内镜治疗，其优越性显而易见，是其他检查手段所无法替代的。
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结肠镜检查的主要适应证为：
1、便血未能确定为痔疮或肛裂出血，或未能除外大肠引起的便血者。
2、反复黑便或大便潜血阳而上消化道检查未能发现病变者。
3、钡剂灌肠X线检查发现大肠异常需要进一步确诊者。
4、发现大肠息肉等需要进行内镜治疗者。
5、炎症性肠病等药物治疗后的随访复查。
6、癌肿或息肉等的手术后或内镜治疗后随访复查。
7、家族中有大肠癌或腺瘤等患者，需要进行体检者。
8、健康检查。及亚太地区大肠癌筛查共识是年龄超过50岁者应进行一次肠镜检查，而中国肠癌病国西方提早，故肠癌医生提出40岁以上便须作一次肠镜检查者。
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